De Bijbel als Schepping, Den Haag 1963 (erste deutsche Übersetzung, stark gekürzt: Der göttliche Bauplan der Welt, Zürich 1965; ungekürzte deutsche Ausgabe: Schöpfung im Wort. Die Struktur der Bibel in jüdischer Überlieferung, Weiler im Allgäu 1994; englisch: Roots of the Bible, Braunton 1986 (Reprint Weiler im Allgäu 1999); spanische Ausgabe, stark gekürzt: Kabbala. La Biblia: divino proyecto del mundo, Buenos Aires 1991); Neuausgabe: Schöpfung im Wort. Die Bibel in jüdischer Überlieferung,  Zürich 2012

Ik die verborgen ben, Den Haag 1967 (deutsch: Die Rolle Esther, Zürich 1968; englisch: Chance. The Hidden Lord, Braunton 1986)

Die Symbolik der Bibelsprache, Zürich 1969

Collaboratie en verzet, 3 Bde., Amsterdam 1969/70 (deutsch: Die langen Schatten des Krieges, 3Bde., Weiler im Allgäu 1989)

Das Buch Jonah, Zürich 1970 (spanisch: Kabbala. El libro de Jonas, Buenos Aires 1993)

Hat der Mensch noch eine Zukunft?, Zürich 1971

Die jüdischen Wurzeln des Matthäus-Evangeliums, Zürich 1972; Neuausgabe: Die jüdischen Wurzeln des Matthäus-Evangeliums I, Weiler im Allgäu 1991

Begegnungen mit Engeln und Menschen. Mysterium des Tuns. Autobiographische Aufzeichnungen 1910–1936, Zürich 1974 (holländisch: Ontmoetingen, 2Bde., Groningen 1982)

Vom Sinn des Erkrankens, Zürich 1974 (holländisch: De zin van het ziek zijn, Wassenaar 1976; spanisch: Salud & Enfermedad, Buenos Aires 1991); Neuausgabe: Vom Sinn des Erkrankens, Bern 1999

Leben im Diesseits und Jenseits. Ein uraltes vergessenes Menschenbild, Zürich 1974 (holländisch: Het mensbeeld in de Kabbala, Cothen 1993)

Wie sie den Anfang träumten. Überlieferung vom Ursprung des Menschen, Bern 1976

Zahl, Zeichen, Wort. Das symbolische Universum der Bibelsprache, Rowohlt, Hamburg 1978;  Neuausgabe: Zahl, Zeichen, Wort, Weiler im Allgäu 1986; Neuausgabe: Zahl, Zeichen, Wort, Weiler im Allgäu 1999; Neuausgabe: Zahl, Zeichen, Wort, Zürich 2007; Neuausgabe: Zahl, Zeichen, Wort, Zürich 2011

Wunder der Zeichen – Wunder der Sprache, Bern 1979

Buchstaben des Lebens (Herderbücherei Bd. 699), Freiburg i.Br. 1979; Neuausgabe: Buchstaben des Lebens. Das hebräische Alphabet. Erzählt nach jüdischer Überlieferung, Weiler im Allgäu 1990 (holländisch: De letters von het leven, Deventer 1981); Neuausgabe: Buchstaben des Lebens. Das hebräische Alphabet, Zürich 2011

Traumleben. Überlieferte Traumdeutung. 4 Bde., München 1979–1981; Taschenbuchausgabe: Kabbala im Traumleben des Menschen, Diederichs Gelbe Reihe 108, München 1994

Die Wurzeln der Aggression, München 1979 (holländisch: De wortels van de agressie, Sint-Baafs-Vijve 1981)

Selbstvertrauen und Depression, München 1979 (holländisch: Zelfvertrouwen en Depressie, Sint-Baafs-Vijve 1981); (slowenisch: Samozavest in depresija, Klagenfurt 2010)

Zeichen aus dem Nichts (Bilder von Dieter Franck), München 1980

Gedanken über Tod und Leben, Bern 1980

Autobiographische Notizen zu Vorträgen und Veröffentlichungen 1928 bis 1980, München 1980

Der Krieg der Römerin. Erinnerungen 1935 bis 1942. 2 Bde., München 1981–1982

Legende von den beiden Bäumen, Bern 1981

Die Astrologie in der jüdischen Mystik, München 1982 (holländisch: De Astrologie in de Joodse mystiek, Wassenaar 1983)

Der Kreuzweg (Bilder von R.P. Litzenburger), München 1982

Biblische Porträts (Bilder von Emil Wachter), München 1982

Die bewahrte Stimme, München 1983

Geistige Erfahrung und Lebenspraxis, München 1983

Vom Geheimnis der mystischen Rose, München 1983

Das jüdische Passahmahl und was dabei von der Erlösung erzählt wird, München 1984

Der biblische Kalender. Monat Nissan, München 1984

Vom Essen und von der Mahlzeit, Küsnacht 1984

Das Wunder vom Ende der Kriege. Erlebnisse im letzten Krieg, Weiler im Allgäu 1985

Was ist beten?, Weiler im Allgäu 1985

Der siebenarmige Leuchter, Weiler im Allgäu 1985

Der biblische Kalender. Monat Siwan, Weiler im Allgäu 1986

Wenn ein Rebbe eine Geschichte erzählt. Chassidische Geschichten, Weiler im Allgäu 1986

Frömmigkeit heute. Eine Wende zum neuen Menschen, Weiler im Allgäu 1986

Leiblichkeit. Unser Körper und seine Organe als Ausdruck des ewigen Menschen, Weiler im Allgäu 1987

Innenwelt des Wortes im Neuen Testament. Eine Deutung aus den Quellen des Judentums, Weiler im Allgäu 1988 (holländisch: Het leven van Jezus, Utrecht 1997); Neuausgabe: Innenwelt des Wortes im Neuen Testament, Zürich 2012

Die Haft. Erinnerungen 1945 bis 1948, Weiler im Allgäu 1988 (holländisch: De gevangenis. Herinneringen 1945–1948, Amsterdam 1989)

Der biblische Kalender. Der Monat Tammus (1.–14.Tammus), Weiler im Allgäu 1990

Meine Revolution. Erinnerungen 1948 bis 1987, Weiler im Allgäu 1990

GottMutter. Die weibliche Seite Gottes, Weiler im Allgäu 1990

De Kalender, Amsterdam 1990 (deutsch : Das Buch von Zeit und Ewigkeit. Der jüdische Kalender und seine Feste, Weiler im Allgäu 1991)

Das Ende der Zeit. Vom Sterben und Auferstehen, Weiler im Allgäu 1991

Beginnen mit einem neuen Blatt. Die Überschwemmung, Weiler im Allgäu 1991

Het Hebreewse Alfabet, 12 Lessen, Veere 1991 (deutsch: Vor Babel. Die Welt der Ursprache, Weiler im Allgäu 1995)

Wege ins Wort. Von der Verborgenheit der Schrift, Weiler im Allgäu 1992

Der mystische Weg, Weiler im Allgäu 1993

Kabbala. El libro de los profetas, Buenos Aires 1993.

Psychologie der Sehnsucht. Entwurf einer biblischen Seelenkunde, Weiler im Allgäu 1996

Weinreb Lesebuch. Mit einem Überblick über Leben und Werk Friedrich Weinrebs. Hrsg. v. Christian Schneider, Weiler im Allgäu 1997

Das Markus-Evangelium. Der Erlöser als Gestalt des religiösen Weges. 2 Bde., Weiler im Allgäu 1999

Mijn Ontmoeting met het Nieuwe Testament, Tilburg 1999

Der Weg durch den Tempel. Aufstieg und Rückkehr des Menschen (Übersetzt aus dem Niederländischen), Weiler im Allgäu 2000

Gern möchte ich vom Messias erzählen. Juden und Christen unterwegs, Weiler im Allgäu 2001

Warum wir uns verhalten, wie wir uns verhalten (Übersetzt aus dem Niederländischen), Weiler im Allgäu 2001

Gotteserfahrung, Weiler im Allgäu 2002

Das chassidische Narrenparadies und andere Schriften, Weiler im Allgäu 2003

Vom Sinn der Versuchung, Weiler im Allgäu 2003

Die Freuden Hiobs, Eine Deutung des Buches Hiob nach jüdischer Überlieferung, Zürich 2006

Die sieben Prophetinnen, Prophetie des Leibes, Zürich 2008

Kabbala als Lebensgefühl, Zürich 2009

Das Opfer in der Bibel, Näherkommen zu Gott, Zürich 2010